Transkripsi berlangsung pada gelembung transkripsi, di daerah mana DNA untuk sementara membentuk dua rantai tunggal. Salah satu rantai, oleh RNA polimerase digunakan sebagai cetakan. Sambil RNA polimerase bergerak sepanjang DNA menyalin/mengimlah urutan spesifik DNA ke dalam urutan spesifik molekul baru RNA (sintesis RNA), gelembung tersebut juga bergerak bersama. RNA yang baru dibentukpun semakin panjang.

Bergeraknya gelembung transkripsi bersamaan dengan gerakan maju RNA polimerase karena sambil RNA polimerase bergerak sepanjang DNA cetakan, iapun turut mendenaturasi pilin ganda DNA dibagian depan gelembung dan merenaturasi kembali dibagian belakang gelembung. Panjang gelembung transkripsi kurang lebih 18 pb, tetapi panjang daerah hibrida RNA-DNA di dalam gelembung itu lebih pendek. Pandangan klasik, melalui pembuktian tidak langsung, adalah sekitar 12 pb, walaupun belum pernah diukur secara langsung. Bukti yang lebih baru menunjukkan bahwa basa pada RNA sedekat 3 pb dari titik pemanjangan dapat dipotong oleh ribonuklease yang mengenal RNA rantai tunggal. Dengan demikian, RNA masih berasosiasi dengan DNA hanya sepanjang 2-3 basa dari titik pertumbuhan rantai, setelahnya RNA berikatan sangat kuat dengan RNA polimerase. Jadi hibrida RNA-DNA sangat pendek, bersifat sementara, dan hanya cukup untuk memberikan stabilitas bagi reaksi reaksi perpasangan basa yang menentukan spesifitas penambahan nukleotida diujung pemanjangan RNA.

RNA polimerase bakteri memiliki ukuran ~90 x 95 x 160Å. Pada Yeast ukurannya lebih besar (~140 x 136 x 110Å). Analisis struktural menunjukkan bahwa keduanya memiliki kesamaan, yaitu bahwa terdapat suatu saluran atau alur dipermukaan protein dengan lebar 25 Å dan kedalaman 5 – 10Å, yang dapat saja sebagai alur lintasan DNA. Panjang alur dapat menampung 16 pb pada enzim bakteri, dan 25 pb pada enzim yeast, namun panjang demikian hanya merepresentasi sebagian dari seluruh DNA yang terikat selama transkripsi berlangsung. Dibagian yang melintang alur tersebut terdapat alur lain yang lebih sempit berukuran lebar 12 - 15 Å dengan kedalaman ~20 Å, yang dapat menampung molekul RNA.

Enzim RNA polimerase pertamakali dikenal dari kemampuannya memasukkan nukleotida-nukleotida ke dalam RNA dibawah arahan DNA cetakan. Sekarang, RNA polimerase dilihat sebagai bagian dari suatu alat yang lebih kompleks yang terlibat dalam transkripsi. Kemampuan mengkatalisis sintesis RNA mendefinisikan komponen minimum yang dapat diderskripsikan sebagai RNA polimerase.