Ekstrakromosomal DNA
Plasmid

Plasmid merupakan molekul DNA pada sel bakteri, berbentuk bulat kecil yang berbeda dan merupakan tambahan dari molekul DNA utama pada khromosom bakteri. Plasmid dapat mereplikasi DNAnya sendiri terlepas dari DNA pada kromosom. Berbagai tipe plasmid telah ditemukan pada sel bakteri. Distribusi plasmid pada bakteri bersifat sporadis karena ada bakteri yang mengandung plasmid tetapi ada juga yang tidak. Pada sel E.coli terdapat plasmid F yang menyebabkan bakteri ini mempunyai sifat konjugatif tertentu. Plasmid F bias digunakan sebagai vector untuk membawa DNA yang akan disisipkan pada genom sel target. Akan tetapi plasmid yang secara rutin digunakan sebagai vector adalah yang mengandung gen ketahanan terhadap antibiotika. Fenotipe dari gen ketahanan terhadap antibiotika sangat baik digunakan untuk menseleksi sel-sel yang ditransformasi dengan plasmid tersebut dan juga menseleksi vektornya sendiri yang mengandung DNA rekombinasi. Plasmid juga merupakan alat yang efisien untuk mengamplifikasi klon DNA karena memiliki kopi yang sangat banyak per selnya.
Lamda phage

Lamda phage merupakan vector yang bagus dengan beberapa alasannya. Pertama, kepala dari lamda phage secara selektif akan mengemas sebuah kromosom berukuran panjang kurang lebih 50 kb dan hal ini sekaligus digunakan untuk menseleksi molekul-molekul lamda yang mengandung DNA donor. Bagian sentral dari genom phage tidak diperlukan untuk replikasi atau mengemas molekul lamda DNA dalam sel E.coli sehingga bagian sentral ini bisa dipotong menggunakan enzyme pemotong dan dihilangkan. Bagian ujung yang terpotong ini dapat disambung dengan DNA donor mengunakan enzim penyambung. Molekul kimera ini bisa dimasukkan ke dalam sel E.coli secara langsung dengan transformasi atau memasukkannya dalam kepala phage secara in vitro. Pada system in vitro, DNA dan komponen kepala phage dicampur dan secara spontan akan membentuk infektif lamda phage. Pada kedua metode tersebut, molekul rekombinan yang mengandung sisipan sebesar 10 sampai 15 kb yang akan dikemas dengan efektif dalam kepala phage karena ukuran ini tepat menggantikan bagian sentral dari genom phage yang dihilangkan sehingga kembali berukuran 50 kb. Oleh karena itu keberadaan plak phage pada koloni bakteri secara otomatis member singnal keberadaan phage rekombinan untuk menduga materi sisipan. Sifat bagus lainnya dari lamda vector ini adalah molekul rekombinan secara otomatis dapat dikemas kedalam kepala phage sehingga mudah disimpan dan ditangani dalam kegiatan eksperimen.

Genom virus

Sebuah virus dikatakan sebuah partikel yang tidak hidup yang dapat mereproduksi dirinya sendiri dengan cara menginfeksi sel hidup dan mengubah mekanisme selular sel inangnya hanyak untuk memproduksi progeny daril partikel virus tersebut. Virus yang menyerang bakteri juga dikenal dengan nama bakteriophage yang secara arfiah berarti memakan bakteri. Virus disusun dari selubung terbuat dari protein dan inti yang mengandung genom virus. Selama infeksi, genom virus memasuki sel dengan dimediasi oleh penggabungan selubung virus dengan membrane plasma sel atau dengan proses seperti injeksi syringe.

Melihat penjelasan diatas maka terdapat phase intraseluler pada siklus genom virus, sebagaimana dengan dikemasnya genom virus menjadi suatu infektif partikel virus juga bersifat intraseluler. Mengingat lebih mudah memurnikan genom virus ketika terkandung didalam sel inangnya maka genom virus biasanya diuraikan strukturnya sebagai partikel virus yang diketemukan secara ekstraseluler. Genom virus sangat bervariasi sifatnya. Kebanyakan virus genomnya disusun oleh DNA. Ketika dikemas menjadi partikel virus, pada beberapa virus DNAnya dalam bentuk untai ganda, pada beberapa lainnya dalam bentuk untai tunggal. Ada juga virus lain seperti retrovirus (virus HIV sebagai contoh) memiliki sejumlah RNA genom pada partikel virusnya. Kembali, kadang-kadang genom RNA ini dalam bentuk untai tunggal, lainnya untai ganda.